El ISIMA cuenta con instalaciones e infraestructura especializada para las líneas de investigación que lleva a cabo, se compone de:

• Dirección y oficinas Administrativas
• Biblioteca especializada (Institucional)
• Jardín botánico
  *Invernadero de plantas tropicales.
  *Velaria.
• Posgrado
• Auditorio
• Museo de la Biodiversidad
• Laboratorio de Botánica
• Laboratorio de Información Geográfica
• Laboratorio de Cultivo de Tejidos Vegetales
• Laboratorio de Anatomía de la Madera
• Laboratorio de Química de la Madera
• Laboratorio de Pruebas Fisicomecánicas de la Madera
• Laboratorio de Dendroenergía
• Invernaderos
• Plantas Piloto
  *Secado de la Madera.
  *Aserradero.
  *Impregnación de la Madera.
  *Peletizado y Briquetas.
• Centro de Competitividad y Diseño del Mueble (CCDM)
  *Área de Diseño del mueble.
  *Área de Maquinas y Herramientas para la elaboración de Muebles.
  *Área de Acabado del Mueble.
• Predio Agrpicola San Miguel de Papasquiaro, municipio de Santiago Papasquiaro, Durango.
  *Vivienda
  *Invernadero.

Estos espacios se complementan con aulas, cubículos, oficinas e internet de banda ancha, con lo que los investigadores, alumnos y académicos invitados pueden desarrollar su trabajo con eficiencia.